转录组测序(RNA-seq)
产品介绍
转录组(Transcriptome)是指细胞内所有转录产物的集合,包括 mRNA、non-coding RNA 等。转录组具有时空特异性, 通过转录组能够从转录水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学以及疾病发生过程中的分子机理。转录组测序 (RNA-seq)是利用高通量测序获取转录组中 mRNA 的信息,通过分析基因表达量以及结构的变化,可挖掘致病机制, 阐明发病机理,帮助药物研发及指导临床用药。
技术参数
检测方法



mRNATotal RNA RNA ExomemiRNA
技术原理
PolyT磁珠捕获rRNA去除探针捕获miRNA富集
样本类型新鲜/冰冻细胞、组织、全血新鲜/冰冻细胞、组织、全血

FFPE 样本

低起始量RNA 样本
新鲜样本或冷冻样本:细胞、组织、血液、外泌体
物种真核生物人,小鼠,大鼠 真核生物
应用mRNA表达

mRNA +

lncRNA + 

circRNA 表达

mRNA 表达miRNA表达

其他应用

基因融合

可变剪接

等位基因特异性表达

基因融合

可变剪接

等位基因特异性表达
基因融合

可变剪接

等位基因特异性表达

/
数据量6 – 8 Gb12 – 15 Gb6 – 8 Gb3Gb
RNA RIN值≥ 7≥ 7无要求/
RNA 起始量≥ 200 ng≥ 200 ng≥ 40 ng≥ 200 ng
DV200(%)≥ 70%≥ 70% 30%/
样本
>50,000>10,000>20,000>1,000
验证血液血液FFPE/




送样需求


样本类型
标准送样量保存及运输条件
RNA

>1μg

溶于 TE 缓冲液,无降解,无蛋白质及 DNA 污染

-80°C保存,干冰运输
血液PAXgene Blood RNA tube ≥5mL全血-80°C保存,干冰运输
组织

≥10mg新鲜冰冻组织

切至 < 0.5 厘米,加入 5 倍体积的 RNA 保存液,4℃条件下放置过夜后再长期保存。

-80°C保存,干冰运输
细胞

≥1×106

离心处理,用磷酸盐缓冲液洗涤两次,置于 1 毫升 Trizol 裂解缓冲液中保存。

-80°C保存,干冰运输
FFPE

10片石蜡切片

体积>0.6 立方毫米

常温保存及运输




*其他类型样本请咨询技术人员

标准分析流程
描述
结果展示
描述
基因聚类热图

横向表示样本的聚类情况,而纵向表示基因的聚类结果,样本或基因在同一个树状分支下,表示它们就越相似。不同位置的色块代表对应位置基因的相对表达量,红色表示该基因高表达,蓝色表示该基因低表达。
描述
火山图

横坐标为基因在两个样本中表达量的差异值,纵坐标为基因表达量变化差异的统计学检验值。图中每个点 代表一个特定的基因,红色点表示显著上调的基因,蓝色点表示显著下调的基因,灰色点为非显著差异的基因。图右边一列为表达量上调和下调最显著的10个基因(如果差异基因小于10个,则显示的基因不足10个)。
描述
GO 富集图

三个GO类别中最显著的10个 GO term,不同的GO类别用不同的颜色表示, bar的长度代表其富集的显著性,越长代表其越显著。
描述
KEGG 通路富集图

纵轴代表差异基因富集的通路名称,气泡的颜色反映通路富集的显著程度,从绿到红,越来越显著;气泡的大小反映差异基因与该通路差异基因的重叠情况,气泡越大代表重叠的差异基因越多。横轴的Rich Factor综合考虑差异基因重叠情况以及注释到该通路的所有基因总数,该值越大表示差异基因在该通路中越富集。
描述
融合基因图

Top 20 的融合基因在染色体的位置分布。 最外一圈表示的是染色体编号。线的两端表示发生融合的两个基因。红线表示的是在不同染色体之间发生的融合基因,蓝线表示的是同一染色体内发生的融合基因。