单细胞及空间组学解决方案

单细胞及空间组学解决方案

为客户提供高质量单细胞及空间组学检测服务

传统测序方法仅在多细胞水平上进行测序，最终得到的信号值其实是多个细胞的平均，丢失了细胞遗传异质性的信息，尤其对于真实组织这种多种类型细胞混合的复杂环境，这种测序方式会对生物学信息挖掘带来极大困难；序祯达依托 10x Genomics 全平台技术布局，一方面可通过单细胞测序针对单个细胞中的 total RNA 或者特异类型的 RNA（例如 BCR/TCR）进行检测，研究细胞之间的差异、确定细胞的分化状态、筛选高效的中和抗体，另一方面可通过10x Genomics Visium 空间转录组（含 Visium HD 高分辨率方案）服务，依托空间条形码专利技术，兼容新鲜冷冻与 FFPE 石蜡组织切片，在保留组织原有形态结构的基础上原位绘制全转录组空间表达图谱，精准锁定基因表达在组织切片上的具体位置；单细胞与空间转录组技术优势互补、联合解析，既能精准拆分细胞亚群分子特征，又可还原各类细胞在组织微环境中的原位分布、细胞互作规律，助力研究人员从分子特征 + 空间定位双重维度深挖生物学机制，助力临床医学研究。

应用场景

项目经验

各类型应用均有项目经验： 3’/5’GEX，TCR/BCR，ATAC，CRISPR，空间转录组

单细胞转录组项目经验——临床应用方向

空间转录组项目经验——临床应用方向

单细胞及空间组学平台

单细胞转录组测序技术应用

寻找肿瘤微环境中新的细胞亚群并揭示其功能

肿瘤免疫疗法的出现极大地提高了肿瘤患者的生存周期。但在临床表现上，并非所有的肿瘤患者都对免疫治疗有响应。这是因为肿瘤微环境存在较高的异质性，解析肿瘤微环境对提高肿瘤免疫治疗效果至关重要。scRNA-seq可从未知身份的单细胞基因表达数据中无监督地分离出相似的细胞亚群，依据生物学计算、数据库、特征基因等结果，推断肿瘤微环境的组成以及各类细胞的功能。

图1. 单细胞聚类。细胞类群t-SNE聚类（左），各细胞群的特征基因热图（右）

绘制细胞发育图谱并鉴定驱动分化的关键基因

机体为响应各种应激，其细胞会从一种功能“状态”转变为另一种功能“状态”，scRNA-seq细胞轨迹分析（包括拟时序分析及RNA 速率分析（RNA velocity）等）可模拟肿瘤微环境中细胞状态的演变，揭示细胞发育轨迹，挖掘肿瘤免疫细胞动态变化以及发现关键的与分化相关的细胞亚群及基因。

细胞演变过程推断

研究细胞间通讯网络并提供候选的药物靶点

受体-配体介导的细胞间通讯对协调发育、分化和疾病等多种生物学过程至关重要。scRNA-seq通讯分析通过统计不同细胞类型中受体和配体的表达及配对情况，揭示发育中细胞的相互作用，探索肿瘤免疫微环境，挖掘疾病治疗靶点。

细胞亚群通讯网络

探索免疫细胞组成并筛选高效的特异抗体

利用单细胞免疫组库进行免疫细胞多样性和免疫细胞微环境研究，可用于相关用药指导及预测免疫治疗疗效。作为研究免疫应答反应的重要工具，单细胞免疫组库技术还可以用于疫苗研发。

单细胞免疫组库及B细胞marker生存曲线

设计聚合体将抗原通过生物素与相连，并连接上相应的barcode 序列。结合VDJ与feature barcode 序列可获得BCR序列与目标抗原的对应关系，达到高精度抗体筛选的目的。

单细胞抗体筛选流程图

确定细胞类型并阐明细胞间相互作用

空间转录组测序技术可以同时提供细胞的空间位置信息和基因表达信息，该技术综合运用了细胞空间定位技术和单细胞测序技术，能够更加精确地注释细胞类型及揭示细胞的相互作用。

空间转录组图谱

单细胞基因组测序技术应用（Mission Bio Tapestri单细胞平台）

Mission Bio Tapestri单细胞平台可同时检测一个细胞的SNV、CNV和蛋白表达谱，是目前市面上唯一的单细胞多组学检测平台，广泛应用于肿瘤异质性、癌症生物标志物、基因编辑评估等研究领域。